流行病學研究：運用地理圖資、數理運算模組等技術，探討危險因子、疫情趨勢、流行病學、社區、環境及活動等變項因素。
臨床研究：研發符合本市市民所需的臨床治療指引及精進個案照護方法，減少感染及合併症發生風險，有效降低致死率。
病毒研究：登革熱病毒監測、分子流病探討分析以及新的偵測方式的研發，深入探究登革熱病毒之變異程度，結合產官學研各領域加速診斷技術的開發。
病媒研究：病媒生態基礎研究以及化學、生物及物理防治方法研析，運用病媒調查基礎資料，加強埃及斑蚊分布監測，達預警與強化防治目標，結合國內外分子生物科技技術，培育前瞻性生物防治技術，運用於全方位防治。